V našom laboratóriu sa venujeme regulácii génovej expresie na úrovni alternatívneho zostrihu RNA. Zameriavame sa predovšetkým na pochopenie úlohy RNA štruktúr v tomto procese ako aj poruchám RNA zostrihu vplyvom mutácií asociovaných s ochoreniami.
Zostrih RNA hrá významnú úlohu v post-transkripčnej regulácii génovovej expresie a významne prispieva k diverzite transkriptómu a proteómu. Ide o komplexný a vysoko dynamický proces, ktorý umožňuje odstránenie nekódujúcich sekvencií (intrónov) z primárneho transkriptu a následné spojenie segmentov (exónov) kódujúcich proteín, čím vzniká zrelá mRNA. Doterajšie zistenia naznačujú, že väčšina ľudských génov podlieha alternatívnemu zostrihu, pri ktorom vzniká viac transkriptov z rovnakého prekurzora mRNA. Presnosť výberu exónu je ovplyvnená nielen sekvenciou RNA a prítomnosťou RNA viažucich proteínov, ale aj často zložitými štruktúrami formovanými molekulami RNA. Napriek kľúčovej úlohe RNA zostrihu v regulácii génovej expresie, zostávajú vzájomné vzťahy medzi sekvenciou a štruktúrou RNA pri selekcii exónov len čiastočne objasnené.
Využitím radu najmodernejších bunkových, genetických, biochemických, biofyzikálnych a výpočtových techník sa zameriavame na
- pochopenie dynamiky konformačných zmien v rámci prekurzorovej mRNA, s cieľom definovať štruktúrne motívy RNA, ktoré sú kritické pre definíciu exónu
- prepojenie medzi štruktúrou RNA a RNA viažucimi proteínmi v procese alternatívneho zostrihu
- úlohu transpozónov v procese vzniku nových exónov
- charakterizáciu kľúčových konformácií RNA transpozónov indukovaných evolučnými zmenami, ktoré podporujú ich exonizačný potenciál.
Zoznam pracovníkov
Mgr. Jana Královičová, PhD. – vedúca skupiny
Ing. Ivana Borovská, PhD. – vedecká pracovníčka
Ing. Lívia Pelegrinová – doktorandka
Mgr. Katarína Vondrášková – vedecko-technická pracovníčka
Aktuálne projekty
Štrukturálne usporiadanie pre-mRNA nevyhnutné pre exonizáciu Alu
- Program: VEGA
- Trvanie projektu: 1.1.2022 – 31.12.2025
Vybrané publikácie
BOROVSKÁ, Ivana – VOŘECHOVSKÝ, Igor – KRÁLOVIČOVÁ, Jana**. Alu RNA fold links splicing with signal recognition particle proteins. In Nucleic Acids Research, 2023, vol. 51, no. 15, p. 8199-8216. (2022: 14.9 – IF, Q1 – JCR, 8.234 – SJR, Q1 – SJR). ISSN 0305-1048.
ALVAREZ, Maria Elena Vilar – CHIVERS, Martin – BOROVSKÁ, Ivana – MONGER, Steven – GIANNOULATOU, Eleni – KRÁLOVIČOVÁ, Jana – VOŘECHOVSKÝ, Igor**. Transposon clusters as substrates for aberrant splice-site activation. In RNA Biology, 2021, vol. 18, no. 3, p. 354-367. (2020: 4.652 – IF, Q2 – JCR, 2.470 – SJR, Q1 – SJR). ISSN 1547-6286.
KRÁLOVIČOVÁ, Jana* – BOROVSKÁ, Ivana* – PENGELLY, Reuben – LEE, Eunice – ABAFFY, Pavel – ŠINDELKA, Radek – GRUTZNER, Frank – VOŘECHOVSKÝ, Igor**. Restriction of an intron size en route to endothermy. In Nucleic Acids Research, 2021, vol. 49, no. 5, p. 2460-2487. (2020: 16.971 – IF, Q1 – JCR, 9.008 – SJR, Q1 – SJR, karentované – CCC). (2021 – Current Contents). ISSN 0305-1048.
KRÁLOVIČOVÁ, Jana* – BOROVSKÁ, Ivana* – KUBÍČKOVÁ, Monika – LUKAVSKÝ, Peter J. – VOŘECHOVSKÝ, Igor**. Cancer-Associated Substitutions in RNA Recognition Motifs of PUF60 and U2AF65 Reveal Residues Required for Correct Folding and 3 ‚ Splice-Site Selection. In Cancers, 2020, vol. 12, no. 7, art. no. 1865. (2019: 6.126 – IF, Q1 – JCR, 1.938 – SJR, Q1 – SJR). ISSN 2072-6694.
KRÁLOVIČOVÁ, Jana – ŠEVČÍKOVÁ, Ivana – STEJSKALOVÁ, Eva – OBUCA, Mina – HILLER, Michael – STANĚK, David – VOŘECHOVSKÝ, Igor**. PUF60-activated exons uncover altered 3 splice-site selection by germline missense mutations in a single RRM. In Nucleic acids research, 2018, vol. 46, no. 12, p. 6166-6187. (2017: 11.561 – IF, Q1 – JCR, 9.025 – SJR, Q1 – SJR, karentované – CCC). (2018 – Current Contents). ISSN 0305-1048.